并聯補償電容器補償自然功率的原理主要基于無功功率的補償。在電力系統中，許多負載（如電動機、變壓器等）在運行過程中會產生感性無功功率，這部分無功功率會導致系統的功率因數降低，電壓損失增大，進而影響系統的穩定性和效率。

為了補償這部分感性無功功率，可以采用并聯補償電容器的方式。并聯補償電容器能夠產生容性無功功率，其電流超前于電壓，與感性負載的電流正好相差180度，因此可以相互抵消。當電容器與感性負載并聯時，其產生的容性無功功率可以補償感性負載產生的感性無功功率，使得系統中的無功功率得到平衡，從而提高系統的功率因數，降低電壓損失，提高系統的穩定性和效率。

具體來說，當電容器接入系統后，它會與系統中的感性負載形成一個并聯諧振回路。在這個回路中，電容器的容抗與感性負載的感抗相互抵消，使得整個回路的阻抗降低，電流增大。但由于電容器產生的電流超前于電壓，因此它只提供無功功率，不消耗有功功率。這樣，系統中的感性無功功率就得到了補償，系統的功率因數得到提高。

需要注意的是，并聯補償電容器的容量應根據系統的實際情況進行選擇，避免過補償或欠補償的情況出現。同時，電容器的連接方式、安裝位置等也需要考慮，以確保其能夠有效地補償系統中的無功功率。

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